《仙剑奇侠传五前传》
皇甫卓得到璞玉后,出于友情,便在折剑山庄的品剑大会前制作出羊脂白玉坠寄给夏侯瑾轩。
在品剑大会召开的前几天,皇甫卓到达折剑山庄,正好遇到了夏侯瑾轩。闲谈之中,皇甫卓询问夏侯瑾轩羊脂白玉坠的事,夏侯瑾轩怕皇甫卓生气,说没有带在身边。皇甫卓告诉他若坏了会再送一个,夏侯瑾轩见机顺势承认了玉坠损坏,令皇甫卓对其趋时就势的耍赖行径表示“无耻”。
当折剑山庄发生了居民失踪事件,皇甫卓叫上夏侯瑾轩一起去找。当瑕和暮菖兰想加入时,皇甫卓想了解瑕等人的功夫的话语中无意间让瑕对其印象大为减低,而皇甫卓全然不知。在雪石路搜寻时,因夏侯瑾轩也走丢,皇甫卓很着急。在小木屋找到了夏侯瑾轩,也遇到了雪女。正当大家对付雪女致使她受伤时,夏侯瑾轩为她求情,而皇甫卓斥其不要被她蒙蔽。随后,雪女趁大家内部矛盾时冻住了所有人,幸而得谢沧行暗中出手,雪女消亡,众人得救。
在折剑山庄举行品剑大会发生伤人事件、姜承被逐出折剑山庄后,皇甫卓跟随主角一行游历江湖,观察姜承的一言一行。经历种种后,被姜承的品质折服,于是在姜承被武林正道排斥时挺身而出为姜承说话,即使父亲皇甫一鸣要求他不要为姜承说话。最后,武林大会终究还是排斥姜承,皇甫卓只能帮助他们逃脱四大世家的追捕。
姜承改名为姜世离,成立净天教后,毒影为报千峰岭之仇而大举进攻开封皇甫世家,但不对曾经有恩的皇甫卓下手,于是皇甫世家伤亡惨重。父亲皇甫一鸣过世、夏初临也祭剑而死,皇甫卓还因长离剑鞘丢失而失去部分记忆。
《仙剑奇侠传五》
皇甫卓在唐府招亲时主持公正,拒绝了上官雅的作弊要求。当上官夫人嘲笑姜云凡没有值钱之物,姜云凡被激,取出娘亲玉佩并请皇甫卓鉴定,于是姜云凡的身份被揭开。为了调和欧阳慧与上官夫人之间的矛盾,自请押送云凡等人前往折剑山庄。在出发前,皇甫卓归还了云凡母亲遗留下的玉佩。
途中遇到魔教尊者血手毒影来救姜云凡。皇甫卓遭到毒影暗算,但誓死不肯交出姜云凡,幸得姜云凡等人帮助打败血手毒影;在剑灵夏孤临的威胁之下,毒影交出解药救皇甫家,与血手离开。经过这次事件,皇甫卓对姜云凡等人大有改观。
到达开封后,委托姜云凡、唐雨柔和龙幽三人调查开封毒源之谜。当调查毒源完毕回到开封,更有皇甫卓、夏孤临与林未央之间的一段故事。最后,皇甫卓成全剑灵夏孤临,解除契约,并鼓励其追求林未央。
主线剧情20年前:皇甫卓与欧阳斌、上官信攻上覆天顶意灭净天教,皇甫卓带领皇甫子弟和通过回魂仙梦回到20年前的姜云凡与唐雨柔战斗。皇甫卓等人不敌,还与欧阳斌、上官信共同再战姜云凡与唐雨柔,但还是被击退。皇甫卓、欧阳斌和上官信虽败,却能从净天教中全身而退,自此一战成名。