琼脂糖是从海藻中提取的一种直链多糖，它由D-半乳糖和3,6-脱水-L-半乳糖的残基交替排列组成的线型多聚糖。当琼脂糖加热至90～100℃左右，即可形成清亮透明的液体。浇在模板上冷却至40～45℃时，凝固形成凝胶。琼脂糖带有亲水性，不含有带电荷的基团，不引起DNA变性，又不吸附被分离的物质，因此它是一种很好的凝胶剂。0.7%的琼脂糖凝胶是一种熔点为62.5-65的衍生物，可保持时间较长，结构脆弱，容易融化，便于酶催化反应，可以更好的用于DNA片段制备电泳。
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