明确执法权限，完善执法手段。在原种子法规定农业、林业主管部门在行使职权时“可以进行现场检查”的基础上，进一步明确了其在履行种子监督检查职责时，有权对种子进行取样测试、试验或者检验；有权查阅、复制有关合同、票据、账簿、生产经营档案及其他有关资料；有权对与违法生产经营相关种子、工具、设备、场所采取查封、扣押等行政强制措施。这些规定，既可以与行政强制等有关法律相衔接，又使执法人员的工作于法有据，有利于减少执法矛盾，提高执法效率。
因使用种子发生民事纠纷的，当事人可以通过协商或者调解解决。当事人不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以根据当事人之间的协议向仲裁机构申请仲裁。当事人也可以直接向人民法院起诉。
农业、林业行政主管部门依法吊销违法行为人的种子经营许可证后，应当通知工商行政管理机关依法注销或者变更违法行为人的营业执照。
从事品种选育和种子生产、经营以及管理的单位和个人应当遵守有关植物检疫法律、行政法规的规定，防止植物危险性病、虫、杂草及其他有害生物的传播和蔓延。禁止任何单位和个人在种子生产基地从事病虫害接种试验。
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