U盘里面的文件夹中病毒了，瑞星把整个文件夹都删了，有什么方法能保留文件夹而只删除病毒呢？

这种病毒，会创建于文件夹同名的文件，但是后缀是.exe，瑞星删除的应该是病毒而不是您的文件夹，您的文件夹应该已经被病毒修改属性隐藏了。
请尝试以下操作：
双击打开【我的电脑】，然后依次点击【工具】-【文件夹选择】-【查看】，勾选【显示隐藏文件和文件夹】，将【隐藏操作系统文件】前的对勾取消，然后点击【确定】。
以上操作后再尝试查看u盘中的文件。

不是没了，是被病毒隐藏了。可以通过winrar查看U盘中的隐藏文件，想让他们现身，可以使用usbcleanner等U盘杀软。或者，手动现身：
开始→运行→cmd→attrib h:\* /s /d -s -h -r回车。（h:\是你的U盘盘符）
调出cmd(命令提示符)还可以win+R,再运行cmd。
删除病毒可以直接在winrar中删除的，随便新建一个rar压缩包，通过它就可以查看U盘内容了，右键病毒，删除之即可。
祝你成功！！！

我觉得应该是这样，你的文件夹被病毒隐藏了，不信你看看，u盘的存储量应该还在。你中的病毒将你原来的文件夹隐藏后，然后复制出来一个镜像，杀毒软件杀了毒以后，将镜像删除了。但是原文件夹还是没有被显示出来。你需要下载个totalcommand软件，打开你的u盘，找到隐藏的文件，右键属性去掉隐藏就行了。

一般这类病毒用卡巴删的话是只删病毒不删文件夹的..
而且一般情况下..杀毒后可能打开U盘发现文件夹不见了..
但是我的电脑里输入文件夹的地址还是有可能还在的。
例如，中病毒的文件夹的地址是H:\图片\
如果你在我的电脑里打开U盘发现没有“图片”这个文件夹~
则在地址栏输入H:\图片\
回车，还是有可能还存在的..
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当然- -如果这样没有的话..- -..我也没办法了~
我一般用卡巴斯基杀毒的~

请您按以下方式操作尝试查看内容：

依次打开『我的电脑』--『工具』--『文件夹选项』--查『看』--取消『隐藏系统受保护的操作系统文件（推荐）』的勾选，选中『显示所有文件或文件夹』，点击确定后再尝试打开u盘查看内容。