妈祖在宋雍熙四年（987年）年以后，当地渔民立一座香火小祠，称之为“通灵神女”。此后，历经南宋、元、明、清各朝尊号的出现。
民间的称呼有两个原因：
一、“妈祖”是林姓家族人对其的尊称。“妈祖”的“妈”，不是妈妈之意，而是奶奶之意。而“妈”与“祖”连在一起称呼，就是对族内年高德勋的女人的尊称。因此妈祖是林姓族人对妈祖的昵称。莆田林姓族人还昵称为“姑妈”，更下辈的也有称“祖妈”的，台湾林姓人也有称为“祖佛”的，后来逐渐顺口称为“妈祖”，以此来称呼自己的先辈，就显得更加亲切了。
二、“妈祖”是民间神祗。随着妈祖信仰的推广，妈祖信仰不仅得到了朝廷的肯定和推崇，也成了所有人共同信仰的民间神女，于是世人就跟随林姓族人尊称她为“妈祖”。这样“妈祖”这个名称，就传遍世界，代代相传至今。
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