开具发票是对公司对经营负责,不过对方如果有预付账款,应该在注销清算的时候通知债权债务往来户,否则就会有现在矛盾的状况。单纯就开票给已注销企业对于贵公司并没有什么税务风险,毕竟是实际的往来交易,并非虚假交易,所以应该不会有问题。如果担心请打电话咨询:所属税务专管员吧:)