1、水电站将江河围起来提高水位来增加水的势能，通过水的势能差来发电，这样就会形成类似湖泊的水库，一旦上游有污水排放就会在这里蓄积，这样治理起来就非常难了。
2、修建水电站破坏了原有的自然环境，使得原来的洄游鱼类无法正常洄游，使原来的近岸植物被淹没，原来的旱生植物近岸生长，相应的，原有的动物生存环境也会遭到破坏！不得不进行迁移。同时还有可能引发山体滑坡等自然灾害！
3、蓄水区水位上升，会使周围山体处于一种浸泡的状态，会引发山体滑坡和泥石流，三峡大坝就是例子。
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