为什么要使用tris饱和苯酚而不直接用苯酚

使用Tris饱和苯酚而不直接使用苯酚的原因主要有以下几点：

• 苯酚在空气中极易被氧化，而氧化后形成的醌类会和DNA链牢固结合，严重时会导致提取的DNA无法进行后续操作，例如PCR或者酶切。

• 苯酚在氧化后形成的醌类和其他产物可引起磷酸二酯键的断裂及导致RNA和DNA的交联，直接使用未饱和的苯酚可能会导致提取的DNA质量下降。

• Tris饱和酚能更好地保持pH值稳定。因为pH值对于核酸的提取是至关重要的，不同的pH值会影响核酸的溶解度和稳定性。

• Tris饱和酚能更好地保护核酸。因为Tris饱和酚能有效地抵抗外界酸碱性物质的影响，保持溶液的稳定性，从而更好地保护核酸。

因此，为了提高核酸提取的质量和效率，通常使用Tris饱和苯酚而不是直接使用苯酚。

市售酚中含有醌等氧化物，这些产物可引起磷酸二酯键的断裂及导致RNA和DNA的交联，应在160℃用冷凝管进行重蒸。重蒸酚加入0.1%的8-羟基喹啉(作为抗氧化剂)，并用等体积的0.5mol/L Tris·Cl (pH8.0)和0.1mol/L Tris·Cl(pH8.0)缓冲液反复抽提使之饱和并使其pH值达到7.6以上，为Tris饱和酚（pH7.8左右）。
饱和酚在核酸纯化中有2种，一种为Tris饱和酚（pH7.8左右），故也称为碱性酚。另一种就是酸性酚，也就是水饱和酚。用于RNA提取时，则要制备酸性酚，也就是水饱和酚，因为在酸性条件下，RNA被分配于水相，而DNA在有机相，从而达到分离获得RNA的目的。水饱和酚同时能使蛋白质变性、沉淀，从核酸提取液中将蛋白质分离除去。因此，pH值不同，应用不同，切不可弄混，以免造成实验失败。