武昌起义代表着辛亥革命的爆发，同盟会本部由日本东京迁至上海；南京临时政府成立后，再迁南京。同盟会在武昌起义之后开始出现分裂，有一些人并不赞同孙中山的三民主义，对孙提出的平均土地更有人反对，章炳麟等与黎元洪组建共和党，到1912年中国同盟会已经四分五裂了，南京临时政府的九个成员中只有三个是中国同盟会的成员。
1912年8月7日在宋教仁的组织下，同盟会、统一共和党、国民公党、国民共进会和共和实进会联合在北京成立国民党，孙中山为理事长，宋教仁为代理事长。1913年，袁世凯在就任正式大总统后，于11月4日下令将国民党强行解散。
1905年7月在黑龙会领袖内田良平的牵线下，孙中山返回日本东京，倡导筹备成立中国同盟会。8月20日在东京赤坂区头山满提供的民宅二楼榻榻米房，中国革命同盟会成立（中国同盟会由兴中会、华兴会、复兴会合并而成），孙中山被推举为总理，黄兴等任庶务；除制定了《军政府宣言》、《中国同盟会总章》和《革命方略》等文件，并决定在国内外建立支部和分会，联络华侨、会党和新军，成为全国性的革命组织。
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