R是reads,F是fragments,因而对于单端测序来说,二者相同;对于双端测序,FPKM将两端的reads当作一个fragment,只计算比对到同一转录本的数量,所以有RPKM是FPKM两倍的情况
FPKM, 是expected number of fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequenced缩写。直译过来就是每百万测序碱基中每千个转录子测序碱基中所包含的测序片断数。与RPKM不同的是,RPKM是直接使用的reads数,