第一个问题：不会影响审批。
理由是，
1，你是申请的本来就是解决两地分居问题，这个申请的前提就是，你妻子不具备北京市常驻户口（高校集体户口不属于常住户口）
2，高校托管户口，目的是为高校毕业生就业提供方便。也就是说，如果您妻子在高校规定期限内找到了解决北京市户口的单位，高校仍然可以再派遣，然后落户。但这个跟你目前的申请没有关系。
另外，关于申请期间户口回原籍，而户口所在地写的是学校集体户口，这个问题，
我觉得没有关系，这是正常变更，但保险起见你应该主动说明一下情况，向受理你申请表的部门问一下，看怎么办
第二个问题：不会影响，派出所只看你有没有进京函件，你审批手续都下来了，他就必须上户口。
为什么不打电话问问呢?
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