防治西红柿的溃疡病，重点在防。建议农业防治为主：选无菌区种子，播种育苗前对土壤，育苗盘等进行消毒处理，种植地应该实行轮作，避免多年连续种植茄科类蔬菜。积极防治虫害，减少虫害的损伤致使植株染病。做好锄草松土，保证田间墒情好，从而避免了大水浇灌的次数，田间精细管理，对带病的残枝进行集中处理。控制好田间湿度，尤其是保护地种植要记得通风，避免在雨露天整枝打杈等工作。
化学防治，是较直接有效的方法了。不过要严格遵循农药的使用规范，不滥用。播种前用干热法灭菌，或用次氯酸钠，醋酸浸泡24小时消毒，苗期发病初期可以加瑞农粉剂，每隔一周喷雾一次直至好转，保护地种植应配合烟雾熏蒸发防治，效果更佳。