公司是违法的，根据《住房公积金管理条例》第三十八条 “违反本条例的规定，单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。”如果你离职了，但是扣费的三个月你仍是在职状态，公司有义务给你按时缴纳在职期间的住房公积金。建议你先行和公司协商，对三个月的公积金进行补缴；协商未果，可以向住房公积金管理中心反应或者收集好扣费证据，申请劳动仲裁。
