性别（日文︰せいべつ，英文︰Gender）是第二世代引入的要素，但在第一世代中尼多兰与尼多朗已经拥有性别（通过名字来区分）。
它是生蛋的基本要素。自第二世代以来，性别不对神奇宝贝的能力有任何影响。
性别差异进化
有些神奇宝贝只有在特定性别时才会进化：
只有奇鲁莉安 ♂可以进化为艾路雷朵。
只有雪童子 ♀可以进化为雪妖女。
结草儿 ♀在20级时会进化为结草贵妇，而结草儿 ♂会进化为绅士蛾。
三蜜蜂 ♀在21级时进化成蜂后，三蜜蜂 ♂则不会进化。
技能
迷人和诱惑只对性别与使用者不同的神奇宝贝有效，并且若使用者和目标中只要有一方为无性别，技能无效。
特性
斗争心、迷人身躯特性与性别有关。
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