财务评价与国民经济评价的区别主要有：
（1）评价角度不同。财务评价是从财务角度考察项目货币收支、盈状况和借款清偿能力，并从项目的经营者、投资者和债权人角度进行分析评价；国民经济评价是从国家整体的角度考察项目需要国家付出的代价和对国家的贡献，确定投资行为的经济合理性。
（2）项目费用、效益的含义和范围划分不同。财务评价是根据项目的实际收支情况确定项目的效益和直接费用；国民经济评价则是根据项目给国家带来的效益和项目消耗国家资源的多少，来考察项目的效益和费用。国家给项目的补贴、项目向国家上交的税金及国内借款的利息，均视为转移支付，不作为项目的效益和直接费用，而且要计算项目的间接效益和间接费用，即外部效果。
（3）评价采用的价格不同。财务评价对投入物和产出物采用财务价格；国民经济评价采用影子价格。
（4）主要参数不同。财务评价采用国家公布的汇率和行业基准收益率或银行贷款利率；国民经济评价采用国家统一测定的影子汇率和社会折现率等。
由于上述区别，两种评价有时可能导致相反的结论。例如某项目所用原料可以出口，其产品也可以出口。由于该原料的国内价格低于国际市场价格，其产品的国内价格又高于国际市场价格，从财务评价考虑，企业利润很高，项目是可行的；如果进行国民经济评价，采用以国际市场价格为基础的影子价格来计算，该项目就可能对国民经济没有那么大贡献。又如，某些矿产品国内价格偏低，企业利润很少，财务评价的结果可能不易通过，如果用影子价格对这些国计民生不可缺少的物资生产项目进行国民经济评价，该项目对国民经济的贡献可能很大，就能通过。