目前餐饮单位和食品销售单位都应该办理新的食品经营许可证，办理流程如下：
准备申办材料：申请书、营业执照复印件、经营场所使用证明、负责人和技术人员证明、食品安全管理制度等（每个地方要求可能有所不一样，具体请咨询本地食药监局获得详细材料）
到食药监局提交申请资料，有的省份支持网上申报，请根据本地情况选择申报方式。
等待受理决定：食品药品监管部门自收到申请材料之日起5个工作日内作出受理决定、不予受理决定。
现场核查：在5个工作日内食药监局会对经营场所实施现场核查。
等待材料审批：自作出受理决定之日起20个工作日内作出行政许可决定。
领取许可证：符合许可条件的, 食品药品监管部门通知申请人领取食品流通许可证书。
备注：办理食品经营许可证不收任何办证费用。
提醒：目前已经没有食品卫生许可证了，在食品安全法2009版本生效的时候，新的“餐饮服务许可证”的管理规定中，食品卫生许可证就已经作废了。具体变化情况如下：
中华人民共和国卫生部令第70号《餐饮服务许可管理办法》自2010年5月1日起施行，其中 第八章 附则 的规定：
第四十二条 本办法自2010年5月1日起施行，卫生部2005年12月15日发布的《食品卫生许可证管理办法》同时废止。餐饮服务提供者在本办法施行前已经取得《食品卫生许可证》的，该许可证在有效期内继续有效。
从新食品安全法在2015年10月1日正式实施之后，餐饮单位不再办理卫生许可证，和餐饮许可证合并为食品经营许可证。
具体规定为：食药监总局发布的国家食品药品监督管理总局令第17号《食品经营许可管理办法》：
第二条 在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。
所以从2016年开始，食品的销售单位和餐饮单位，全部都是申请食品经营许可证，不用再申请以前的食品流通许可证和餐饮许可证。以前的证书在有效期内不需要换证，到期之后办理新的食品经营许可证。
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