正规的公司是不允许这样操作的。很容易牵涉税金问题，还是应该保持发票金额和实际支付金额保持一致。
如果你公司确认这件事情的、以后也不想留尾巴（应收账款有余额）的话，最好的办法是把差额借现金做平。虚收的现金再另搞张费用发票贷走。
