原因大致有三点：
第一，跟海水流动程度有关；
第二，是水中泥沙等混杂物含量；
第三，近海比较浑浊，污染物比较多，海水比较浅，沉积物能看到，深海颜色就比较纯了，污染物扩散开了，就显得清澈。
因为通常我们看到的海水颜色一般有三种:
1，红色：海水营养过于丰富，有污染的现象，叫做赤潮；
2，蓝色 : 其中以早晨、下午最蓝；
3，浅绿：中午 太阳强烈时较多。
第二和第三种出现的原因主要在下面四点：
1，海水中主要以藻类植物居多，早晚太阳较小，藻类对太阳吸收较少，有一部分为藻类自身的颜色，中午太阳中部分色种被吸收，藻类辐射出不同的蓝色；
2，不同地区海水中含有藻类不同，颜色有差异；
3，海水中的盐类作用；
4，太阳光是由红、橙、黄、绿、青、蓝、紫七色光复合而成，七色光波长长短不一，从红光到紫光，波长由长渐短，其中波长长的红光、橙光、黄光穿透能力强，最易被水分子所吸收。波长较短的蓝光、紫光穿透能力弱，遇到纯净海水时，最易被散射和反射。又由于人们眼睛对紫光很不敏感，往往视而不见，而对蓝光比较敏感。于是，我们所见到的海洋就呈现出一片蔚蓝色或深蓝色了。
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