一是主体不同：挪用资金罪的犯罪主体是非国家工作人员；挪用公款罪的犯罪主体是国家工作人员。二是犯罪客体不同：前者的客体是公司、企业或者其他单位的财产管理制度。后者的客体是国家公共财产的管理制度。三是量刑不同：前者量刑轻，立案标准起点是6万元，最高可判10年徒刑；后者量刑重，立案起点标准是的3万元，有较重情节的立案起点标准是否万元；最高可判无期徒刑。四是管辖不同：前者由公安机关立案侦查；后者由检察机关立案侦查。
