最划算可能就算是JR Free Pass了，不过看题主的描述，好像是没买…
所以简单计算一下，按照从难波出发来计算，
第一天往返京都，约1600日元/人。
第二天往返奈良，约1500日元/人。
第三天在大阪，不发生交通费
理论上，两天下来花在电车上的交通费只有3100日元/人。
但是实际上，到了京都，可能在景点之间移动，还需要乘坐巴士等。算下来，交通费就上去了。
题主提到的大阪的周游券，貌似，只能在大阪区域内使用，所以暂时不考虑。
另外一种叫做「スルッとKANSAI」的，既可以乘坐电车又能坐巴士的套票。两日券是每个人4000日元，三日券是5200日元，题主可以根据自己的计划和具体情况考虑一下。
因为贴吧发网址会被审查，所以详细内容还请题主搜索「スルッとkansai 2day」自己看看，网页最上方有中文选项。
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