江苏邳州经济开发区始建于2001年。
2003年4月,经徐州市政府批准,邳州经济技术开发区被设立为徐州市级开发区。
2006年5月,经江苏省人民政府同意并经国家发改委审核公告,邳州经济技术开发区正式成为省级开发区,并更名为“邳州经济开发区”。
2008年10月,江苏省环保厅批复,设立邳州经济开发区环保化工集聚区。
2009年4月,省政府批准无锡滨湖—邳州工业园为南北共建开发区。
2011年7月,邳州经济开发区循环经济产业园成为江苏省唯一一家入选国家第二批“城市矿产示范基地”园区。
2012年12月,省级生态工业园区规划通过省环保厅专家论证。
2013年11月,开发区与戴圩街道实行“区街合一、以区为主”的管理模式。