为什么发行证券方式取得的长期股权投资，其发行费用不计入长期股权投资成本，而是冲减资本公积呢？

处理的规则还是遵循长期股权投资确认初始投资成本的规则，即要区分是否为企业合并，要区分是同一控制下的企业合并还是非同一控制下的企业合并，还要区分是为取得投资而发生的直接相关费用还是发行证券等而支付的手续费、佣金等间接相关费用。
然后，才能根据企业会计准则的要求进行正确的处理。
一、以企业合并方式形成的长期股权投资。
合并方或购买方为企业合并发生的审计、法律服务、评估咨询等中介费用以及其他相关管理费用，应当于发生时计入当期损益。
二、除企业合并以外的其他方式取得的长期股权投资。
取得长期股权投资而发生的直接相关的费用、税金及其他必要支出计入初始投资成本。
长期股权投资（Long-term investment on stocks）是指通过投资取得被投资单位的股份。企业对其他单位的股权投资，通常视为长期持有，以及通过股权投资达到控制被投资单位，或对被投资单位施加重大影响，或为了与被投资单位建立密切关系，以分散经营风险。
拓展资料
以下情况会导致资本公积减少：
1、转增资本
2、与发行权益性证券直接相关的手续费、佣金等交易费用，借记“资本公积”科目目、（股本溢价），贷记“银行存款”等科目。
3、对外投资时发生的资产评估增值计入“资本公积--股权投资准备”以后再次评估如发生减值，首先冲减“资本公积--股权投资准备”，不足冲减部分转入“营业外支出”。
4、企业股份制改造以及按国家规定进行清产核资所发生的资产减值，依次冲减未分配利润、盈余公积、资本公积。
5、资产负债表日，可供出售金融资产的公允价值低于其账面余额的差额，借记“资本公积-其他资本公积”，贷记“可供出售金融资产”科目。
6、股份有限公司采用收购本企业股票方式减资的，按注销股票的面值总额减少股本，购回股票支付的价款超过面值总额的部分，应依次冲减资本公积和留存收益，借记“股本”科目、“资本公积”科目、“盈余公积”科目、“利润分配—未分配利润”科目，贷记“银行存款”、“库存现金”科目。
7、在行权日，应按实际行权的权益工具数量计算确定的金额，借记“资本公积”科目（其他资本公积），按计入实收资本或股本的金额，贷记“实收资本”或“股本”科目，按其差额，贷记“资本公积”科目（资本溢价或股本溢价）。

你可以把发行权益性证券取得长期股权投资看成两个过程。一个是融资过程，即你增发股票取得资本。另一个过程是投资过程，你用取得的资本再去购买资本。而在融资过程中发生的其他相关费用不能计入长期股权投资的成本的，只有在第二个投资过程发生的相关费用才能计入成本。

购买长期股权投资和买任何一项资产都是一样的

例如我花100万银行存款买一套房子，那这套房子的入账价值就是100万