不知道楼主是不是指这一问题：
自动生成的servlet中，会有这么一个包：import javax.servlet.annotation.WebServlet; 以及@WebServlet("/ddd")，只要不删除这两样，web.xml就会自动更新，程序也就会正常运行。
有篇相关文章对一些常见问题都做了些总结，其中也包括楼主所提到的，可以参考一下，
百度经验地址：http://jingyan.baidu.com/article/ab69b270ccc4792ca7189fd6.html
（eclipse下配置tomcat7的几个重要问题）