我的港澳通行证签注一年两次只用了一次，还有一次还在有效期内，再继续申请签注是否不行？

　　可以继续申请，但是那次有效的签证会被注销掉，注销完了会给新的签证。
　　办理港澳通行证续签手续，需要前往户口所在地的公安局出入境管理部门办理(即第一次办理《港澳通行证》的地方)，这是不能异地办理的，但可以委托他人代办港澳通行证续签。
　　1.需要携带的资料：
　　(1)申请人的《港澳通行证》;
　　(2)申请人的二寸相片一张(贴在《申请表》上);
　　(3)申请人的身份证复印件。
　　2.办理港澳通行证续签费用：
　　签注一次有效20元;选择2次有效则40元。
　　3.办理港澳通行证续签时间：
　　10个工作日
　　4.续办港澳通行证程序：
　　(1)申请人到受理窗口咨询、领取并填写《中国公民因私赴港澳地区申请表》。
　　(2)到受理窗口取号排队。
　　(3)申请人到受理窗口交验材料并领取《回执单》。(可以选择邮政快递)
　　(4)申请人到办理窗口凭《回执单》打印缴费收据。
　　(5)申请人凭缴费收据到银行缴费。
　　(6)申请人凭银行收费单据和《回执单》到受理窗口领证。
　　备注：港澳通行证网上续签
　　广东省户口的要续签港澳通行证，可以登录“广东出入境网”办理《港澳通行证》的续签业务，很方便，就多交一点快递费。
　　办理往来港澳通行证续签的基本流程： 登录网站→按“网上申请”→填写相关的资料(填写的资料一定要准确，同时一定要选择快递服务)→完成，提交→打印回执(主要是方便日后查询)→受理后，EMS工作人员上门收取通行证→办理好之后，EMS工作人员会将通行证送到你的地址。
　　费用：签注20元/1次有效，邮费跨地级市45元(如果同一地级市20元)
　　办理时限：15个工作日。

你可以继续申请，但是那次有效的签证会被注销掉，注销完了就会给你新的签证。

我认为签注要用完或者签注过期了才可以办续签,除非签注的是另一个地方。谨供参考。

你要申请什么签注？自由行吗？继续申请没有问题的，说清楚你的情况就可以了。

可以的，你去办新签注时会把你的旧签注给注销掉，然后按你申请的时间再算一年。