首先得区分清楚您所谓“实习”的性质。您去年12月份还没有毕业，还属于在校学生，不能同单位建立劳动关系，所以去年12月至今年7月，您同工作单位的关系只能作为劳务关系，按照《合同法》处理。7月份您拿到毕业证书后，同公司签订的就业协议属于劳动合同了，同公司建立的是劳动关系，按照《劳动合同法》处理。公司要求再实习三个月可能是混淆了概念，因为建立劳动关系是没有实习问题的，这三个月可能是试用期。按照《劳动合同法》第十九条“劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月”的规定，如果是三个月的试用期，用人单位就得同您签订三年以上固定期限或无固定期限的劳动合同。如果您觉得三年期限太长，也不必担心，因为《劳动合同法》第三十七条规定“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同”，如果您找到另谋发展的机会，不一定要等三年时间，可以提前同工作单位解除劳动合同。
一共才实习6个月其实也不多，一般事业单位都要一年后才转正，你可以问看你们同事实习的好久，还有你当时交没交学籍证明之类的，如果交了，其他人又只实习三个月的话就看你想不想继续在那工作了，如果想就忍了嘛，不想可以投诉下，不过成功几率很小，并且对你没有什么好处。
至于合同签三年很合理，一般都是三年或者五年一签
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