是按全额（不含税销售额）17%计算，假如销售额100万元，即应交增值税=100*17%-进项税额。
由于《管理办法》和《条例》中没说明是超过部分，所以就是指全额。
80万元只是一个标准，只要在认证一般纳税人以前，销售额不管是80万元还是100万元（一般超过80万元就不让你开票了，但是也有例外超过80万元的），都按照统一税率（3%）申报税款，只有认定为一般纳税人后，才按照税率17%缴纳税款。因此你上述的问题就不难回答了。应是全额3%，而不是80万以内3%多余部分是17%。
首先小规模纳税人超过一般纳税人认定标准要申请一般纳税人资格认定，认定后才能用销项减去进项交税，是应税销售额的全额*17%，没有超过部分按17%这一说
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