二者的区别主要在于行为人主观方面的故意不同。非法吸收公众存款罪的主观目的是非法牟利，追求本息按期归还存款人后的剩余利润；而集资诈骗罪的行为人是以非法占有为目的，是为了无偿占有存款人所存资金本金，更不会还给存款人利息。有的集资诈骗案件以先偿还本息为名，再非法骗取更多人更大数额的存款，但仍应以集资诈骗罪处罚。
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