1、培养基：需要对基质中营养物质的配比进行优化，以满足细菌大量繁殖和外源蛋白表达的需要。2、接种量：影响发酵产量和周期。3、溶解氧：菌体扩增及外源基因的表达都需要大量氧进行呼吸作用供能。4、pH：影响细胞的生长和基因产物的表达。5、温度：影响酶的反应速度，改变菌体代谢产物的反应方向，影响代谢调控机制。6、诱导时机：一般在对数生长后期升温诱导表达。7、代谢副产物：会抑制菌体的生长和蛋白的表达。
