应当补偿。
房产证并不是唯一证明建筑合法的证据。土地证、房屋管理部门的登记簿、规划部门的规划许可、或者因为历史原因造成的无法办理房产证等等情况均可以视为合法建筑。只要是合法建筑,那么在征收拆迁时,就应当依法公平补偿。
法律依据:
国务院令第590号,第十五条 房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记,被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。
第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理,对违反城乡规划进行建设的,依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前,应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的,应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的,不予补偿。
《国务院办公厅关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》国办发明电〔2003〕42号 ,四、完善相关政策措施,妥善解决遗留问题 各地要本着实事求是的原则,采取积极有效的措施,切实解决城市房屋拆迁中久拖不决的遗留问题。对拆迁范围内产权性质为住宅,但已依法取得营业执照经营性用房的补偿,各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋,应依据现行有关法律法规补办手续。