你有没有被培训过,没有的话,公司要你交5000元是违法的。即使你被公司出资培训过(正规的外面的培训,不是公司内部的培训),也要按照实际公司的出资额除去五分之二(也就是乘以0.6,因为五年中你给公司工作了两年),付给公司。公司的做法肯定不合法。具体见劳动合同法第22 条
主要看你是否参加了培训,是否有签订过培训协议之类的文件