京都大学的AAO制度申请研究生是不是不是211高校就通不过？

不是，如果申请者个人能力很强，得到了导师的认可，学校的AAO是不会卡人的。

AAO制度：
即希望能申请到京都大学读书的学生，需要先将所需要的书面材料提交到京都大学的Admissions Assistance Office进行审核，审核通过，才有资格进行下一步出愿手续。这样来看，京都大学设置AAO的目的，是在于为那些毕业于中国的大学、并有意申请京都大学的研究生的申请者，在申请手续方面提供便利。
AAO其实是Admissions Assistance Office的缩写，用日本官方的标准语言解释为：中国本土の大学(香港を除く)を卒业し、京都大学に研究生または大学院生として入学を希望する志愿者は、希望する研究科・研究所等への出愿手続きの前にAAO(Admissions Assistance Office)での照会手続きを行う必要があります。

如果你，

1. 英语托福IBT100以上。

2. 日语有N1证书。

3. 能通过京大的笔试和面试。

   他们是不会关心你的毕业学校的，也没有理由不要你。

我认识几位在京大读研，但国内出身学校很一般的同学，但都是能力很强的人。虽然京大还是比较看出身学校，不过也并不说非985非211的就不可能。
既然你托福100多，日语一级150+，说明你交流上肯定没甚么障碍。AAO什么的先别管，先和教授联系，说明你想申研究生，如果研究生实在申不上，你也可以考虑复习复习考试然后飞过来参加入学考试，我认识很多人都是这么考上的。
先拿到教授的认可，然后再去找AAO，就是走一个程序而已了，教授都说要你了，AAO绝不会卡你。
不知道这么讲你明白了与否。