个人建议车门换掉，后翼子板可以考虑钣金修复不过确实需要刮涂很厚的原子灰。
打腻子是为了实现整旧如新的良好效果，你如果要求这样（或整形后）就直接喷漆，可与店主商议，也未尝不可解决。
你这属于大修，四s店说多很对。
