从2006年9月18日起，沪深交易所为提高发行效率，对上网发行资金申购又做了补充，即根据发行人和主承销商的申请，上网发行资金申购的时间可以缩短一个交易日。新的申购流程主要适用于A+H新股的发行，但经同意，个别只发行A股的公司也可采用。新的申购流程如下：
（一）投资者申购（T日）。申购当日（T日）按《发行公告》和申购办法等规定进行申购。
（二）资金冻结、验资及配号（T+1日）。申购日后的第一天（T+1日），由结算公司将申购资金冻结。下午4点前，申购资金需全部到位，结算公司配合交易所指定的具备资格的会计师事务所对申购资金进行验资，并由会计师事务所出具验资报告，交易所以实际到位资金作为有效申购进行配号（即下午4点后按相关规定进行验资、确认有效申购和配号）。
（三）摇号抽签、中签处理（T+2日）。申购日后的第二天（T+2日），公布确定的发行价格和中签率，并按相关规定进行摇号抽签、中签处理。
（四）资金解冻（T+3日）。申购日后的第三天（T+3日）公布中签结果，并按相关规定进行资金解冻和新股认购款划付。
新规则规定：“上网申购期内，投资者按委托买入股票的方式，以价格区间上限填写委托单”，因此，与以往不同的是，投资者委托申购的价格应为价格区间上限，如果确定的发行价格低于价格区间上限，差价部分将退还给投资者。
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