水稻恶苗病的病菌在谷粒和稻草上越冬，次年使用了带病的种子或稻草，病菌随着种子萌发而繁殖，从秧苗的芽鞘或伤口侵入，引起秧苗发病徒长。
发病秧苗常枯萎死亡。
未枯死的病苗为淡黄绿色，生长细长，一般高出健苗三分之一左右；根部发育不良，分蘖少，甚至不分蘖。
带病的秧苗移栽后，把病菌带到大田，引起稻苗发病。
当水稻抽穗开花时，病菌经风雨传到花器上，使谷粒和稻草带病菌，循环侵染为害水稻。
病菌易从伤口侵入，播了受机械损伤的稻种，或秧苗根部受伤重的，发病就重。
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