A、变形虫是原生动物、水绵是低等植物、香菇是真菌,细胞结构有所区别,A错误;B、烟草属于真核生物中的植物、草履虫属于真核生物中的原生动物、大肠杆菌是原核生物,它们的结构有较大差异,B错误;C、猪、鼠、蜻蜓都是高等动物,它们的细胞结构最相似,C正确;D、酵母菌和灵芝是真菌、豌豆是高等植物,细胞结构有所区别,D错误;故选:C.