从事业单位考取公务员属于工作调动，也就不存在违约的问题。因为事业单位和国家机关说白了就是一个娘生的，从左口袋去右口袋没人难为你的。档案问题不是你来考虑的，你多虑了，如果录用公务员的话，事业单位和机关单位间会根据规定为你转档案的，而且你考取了公务员，就是一普通科员，如果在政府机关，你的档案有可能都出不了一个档案室！因为都归人事局管理，呵呵！
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试用期内的公务员（含参照公务员法管理人员，下同）不得报考。试用期满已任职定级的公务员和事业单位在编在职人员可以报考，但需出具所在单位同意报考证明。
你这个可能交违约金就可以了
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如果是三方协议，上面的补充条款有说明考上公务员是否可以不算违约，那就可以违约，不要交违约金。如果签就业协议，那很难违约的。
协议书只是用来约束君子的，哪里还能就这样扣住人的手脚不让人追求理想了？建议你掏下腰包，求求情，这家单位应该不会为难你的，毕竟才出社会的年轻人，哪里有钱交违约金？那协议书只是个过场而已，你还是动动身边的关系吧。
按正常渠道辞职就好，一般单位不会特意为难你的
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