我是山西武警，07年退伍伤残军人，残疾证丢失了，还没补办， 怎么我的残疾档案不再民政局，跑到武装部了，

可能是我的误断：你不像一个真正的残疾军人？！
根据民政部门的规定，残疾军人持有的《残疾军人证》仅仅只是用于证明自己是个残疾军人而享受飞机、火车、长途汽车半价，市内交通的免费和景点的免费等多种优惠之用。至于残疾军人的身份的致伤档案全部在民政局，而且区民政局、街道民政科（武装部）对此一清二楚。
《残疾军人证》自从2005年领用以后我遗失过两次，每次只要自己到民政局指定的报纸上刊登遗失公告（自费、100元左右），然后把报纸、申请（民政局有格式化表单）照片两张交给办事人员就可以了，一般20个工作日（给你讲是30个工作日），你就可以拿到新编号、原内容的《残疾军人证》，补证、换证全部是免费的，就是遗失公告要缴给报社广告部钱。
你是真的残疾军人的，那么07年到现在的五年间你的抚恤金没有可能不发的，有抚恤金的必定有致残、评残档案，也就是补办证件是不会有任何阻力的。
回答你的是一个因战五级残疾军人

你不可能拿到你的受伤致残以及评定的档案，甚至你见也见不到的！
没有受伤致残以及评定的档案绝对不可能补证和发放抚恤金！
只有档案的存在才有直接换证、补证的可能！
2007年民政部文件规定：申请补办评定残疾等级，应当提交因战因公致残档案记载或者原始医疗证明。对于原始医疗证明必须是部队医疗系统的，民政局一定会去作确认的。