当移植了他人的肾脏，这种“非己”的器官存在于受者体内，就是受到体内以淋巴细胞为主的免疫活性细胞的“攻击”。这就是医学术语所称的排斥反应，其机制是很复杂的生物学现象。现代医学研究证明：临床上肾移植出现排斥反应，绝大多数是免疫因素综合作用的结果。在不同类型的排斥反应当中，细胞与体液免疫所起的作用不一样。一般来讲，超急排斥反应是体液免疫反应的后果；急性排斥反应的早期是以细胞免疫反应为主，晚期则是以体液免疫反应为主；慢性排斥反应是持久的体液和细胞反应的后果，以体液免疫为主。
由于尿毒症病人接受的是非同卵双生的供肾，组织兼容性差。因此，术后发生排斥反应是绝对的，是经常存在的。但有出现的早与晚、轻与重及频率之区别。如果选择最佳的组织配型，辅以免疫抑制剂治疗，大部分的排斥反应是可以防止和逆转的。
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