开始时主角从自己家走出来，向草地那里走，结果被大木博士叫住，博士把我邀到研究所，发现博士的孙子小茂也在，我可以在 3 只妖怪拿一只，正当走之时，小茂向你挑战，（如果没有信心的话可以事先把计算机里的伤药取出），战胜后去常盘时的商店拿了小东东，（路上碰见一常盘市道具店的店员，伤药入手）把小东东交给博士后，博士送你一个图鉴，离开后去小茂家，向小茂姐姐要地图（此时不要地图，以后就没有了）原来在常盘市路上闹酒喝的老爷爷已经起来了，他在教主角抓 PM 之余还送了一台教学电视（おしえデレビ），常盘市左边水池旁有个人，但现在还没有办法和他聊聊，再往左走和小茂碰面，又是一场战斗。
通过常盘市之后一路向北，来到常青森林，里面都是些绿毛虫和独角虫，一路来到日比市，右边信道有人把手，由于没有妖徽章，无法通过，之后来到小刚的道馆挑战，战胜后得到灰色的徽章，市博物馆可以花 50 元去参观参观，是古代 PM 的化石，而博物馆后门进去更是有 …… 但有棵树挡住这时候右边能通过，刚一出去，就遇上研究所的所员，送来了妈妈给的动衣，这下按住 B 键就能跑的快些了路上有一些妖怪的训练家，可以提高一写妖怪的等级，
接着来到月亮山洞，在山洞洞口旁边的 PC 屋里，可以花 500 元买到一只鲤鱼王，（本人也买了 20 级的暴鲤龙相当厉害）在山洞遇到一些火箭队的抵抗，战胜后，还可以遇到一个考古学家，将他打败后可以从他身后的两块化石中选一块给自己。（左边镰刀盗普攻普防强劲，右边菊石兽，普防特攻高超，选一只自己喜欢的吧。）
好不容易出了山洞来到花田市，这里有一个自行车商店出售自行车，不过现在绝对买不起，来到道馆找小霞挑战，将其击败后得到蓝色徽章，之后一路向北，在路口遇到小茂，取胜之后得到语言检索机（ボイスチャカ - ）继续北上，经过桥时连战胜 5 人后得到了金球，之后给金球的人要求我加入火箭队，正义的我怎么会答应，打败他！途中有很多的训练家挑战你，最后来到地图的东北角的一栋小屋，进去和皮皮融合在一起的正树（マサキ）对话，然后来到计算机前，启动计算机，把他恢复成原样，他出来后对我一阵感谢，送给我一张船票，出来后再进去的话他会给我看看他的 PM 收藏，是伊布和它的 3 种进化形态，按原路返回花田市，这时候右侧门口的警察以经离开，在屋后发现火箭队，战胜后他把偷来的特技机器 28“ 挖洞 ” ，由于右面道路被一棵大树挡着，目前只能向下走，途中可以来到一间饲养屋（旁边的草丛有喵喵哦，他可以在战斗后随机捡道具，多带几个吧，我可是带了 3 只 ^-^ ），里面有人专门帮你饲养妖怪，在饲养屋下面有一个地下过道，由于下面房屋有人组阻拦，无法通行，只能从地下过道通过。
之后来到枯叶市，在 PC 中心护士下方的人对话，战斗检索器（バトルサ - チャ - ）入手由于去道馆的道路也被一棵树挡着，来到左边海岸旁的一个口袋妖怪俱乐部里（道馆上面的小屋），和会长谈完后，会长送你一张兑换卷（可以拿到花田市的自行车店里兑换一辆自行车）在 PC 屋左边的小屋里还可已得到一枝初级鱼竿，一路到了码头旁边，和门口的水手交谈得知有艘豪华邮轮正在停在码头上，出示船票已后来到船内，可以去各个房间找那些来自世界各地的妖怪训练家对战一番，可以从入口右边往左数的第二个房间内恢复妖怪的体力还是可以在厨房的垃圾桶内找到 3 颗果实（现在不拿，以后就没得拿）最后在船长室的门口遇到小茂，取胜后来到船长室，和船长交谈之后，帮晕船的船长拍背后，船长不晕了（我要晕了），船长便把 01 号特技居合斩赠送给我，离开邮轮以后主角，再次来到枯叶市道馆前的小树旁，使用居合斩砍掉树木，进入道馆找马志士挑战，战胜之后得到橘色徽章。
出了码头往右走，进入地鼠山洞，进去之后就可以来到原来常青森林旁，继续下行，在一栋房子内和一个人对话，如果你拥有的妖怪数超过 10 种，就可以得到 05 特技闪光，拥有居合斩后记得到以前被树挡住的地方，有不少收获哦！走出山洞后，这时候就可以去花田市右边的道路了，路上会有众多的妖怪训练家向你挑战，最后来到岩山隧道前，
进洞使用 05 特技闪光，继续往下走，来到紫宛市，
这里有一栋幽灵塔，沿楼梯而上，遇到了小茂，再次战胜他后继续往上走在最后一层的入口初突然出现了一个奇怪的妖怪拦住路，由于无法前进，只好先下楼。和一些居民对话后，离开紫宛市，经过一个地下过道，来到玉虫市，
这里有个百货大楼，百货大楼的顶楼有自动售卖机，分别买三种饮料给左边的一个小女孩，可以得到三种不同的技能机器，在百货大楼右边的大厦顶层还可以得到一只伊贝（从后门进），在和里面的一个老奶奶对话还可以得到茶（重要道具，没有得到将无法发展剧情），在 PC 屋的下方一家餐厅的左上角和一个客人对话可以得到硬币盒，来到火箭游戏中心，仔细找找地板，多和人聊聊，可以得到共 170 枚硬币，看到最上面一幅画面前站着一个人，上去和他对话（居然说他在看守海报，还真是 %*—# ，）战胜他之后那家伙突然跑了，对着画（按 A 键）壁画的右边突然出现了一条楼梯，在地下四层打败右上的火箭队队员后得到电梯钥匙以后上楼梯，找到 BOSS ，击败后得到显微镜，（果然是火箭队开的游戏中心），再去玉虫市的道馆，战胜后得到彩虹徽章。
接下来回到紫宛市，在幽灵塔的顶层入口再次遇到那只神秘的妖怪，是可拉可拉的母亲嘎蜡嘎拉（捕捉不能），打败她之后她安心地升天了，来到顶层救出富士老人（又是火箭队搞鬼）打败它之后来到顶层救出富士老人，将妖怪魔笛送给主角，这下就可以收复拦在到路中间的卡比兽了，再次来到玉虫市，往左边走，在卡比兽的身边使用妖怪魔笛，将其召唤对战（我把两只都收了，真的不错啊！右边的那只下面的房子的主人送终极钓竿）将卡比兽的上方树木砍掉，来到最左边的屋里，和一个女的对话会得到 02 号特技飞行，用自行车通过下面的路，来到石竹市， PC 屋左边的房子里的老人是著名的忘却爷爷，可以帮忙忘记招数，包括密传机器，在 PC 屋的右边的屋里和老爷爷（狩猎区的负责人）对话，答应他帮忙寻找丢失在狩猎区的金牙，去狩猎区，在最深处找到金牙，在旁边的房子内还可以得到 03 特技冲浪，带着东东回到了爷爷的家里，老爷爷将 04 号特技怪力送给了我，爷爷右边边的房子里的人还会送好钓钓竿之后来到阿诘把守的道馆内向他挑战，胜利后得到爱心徽章。
使用飞行特技，来到玉虫市，出城往右走，经过一个大门，和忠于职守但口渴的门卫对话后，把茶送给了他，于是他感激地让我通过并把胜下的茶分给其它 3 个门卫，来到山吹市，
来到希鲁佛总部大楼，来到五楼的下方找到开门所需要的钥匙卡，在九楼的女社员会帮忙回复 PM 的战斗力，通过这一层左上的传送点，再踏上右边的传送点，来到七楼，和小茂对战，和旁边的一个人对话，他送我一只在实验室养大的乘龙（蛮好用）之后踏上传送点，来到顶楼找到火箭队的老大，将其击败后，成功救出希鲁佛公司的老板，他送我一个大师球，出了大楼往上走，来到左边的妖怪道馆，打败所有人后馆主送我一只妖怪，二选一（左沙瓦郎，右艾比郎 , 沙瓦郎普攻要稍微高些，艾比郎防御要好点，选一个吧）接下来是山吹市正式的道馆，通往馆主的传送装置在左上的左下，击败馆主后，将其得到黄金徽章。
现在再回石竹市，向南走，经过一段距离冲浪以后来到双子岛，里面有几块石头需要推到河里将水堵住，这样才可以前行，在最深处有一只冰鸟，从另一个洞口出来，继续向左走，（或者从老家向下）就会来到红莲岛，
这里有个妖怪化石研究所（月亮山洞的化石和日比市博物馆得到的神秘琥珀放在这）来到道馆门前，发现门被锁了，钥匙被藏在左边的废弃大楼，（超梦的诞生地，桌上日记的内容就是记载捕捉梦幻、培育超梦和超梦不受控制的内容）在最深处找到钥匙，然后来到道馆面前将门打开，道馆里每个人旁边都有一台问题机，调查后可以回答问题（具体问题内容和答案见攻略最后），回答出来可以直接往下走，回答错误则开打，直接和人对话也可以开打，进入击败馆主后得到火焰徽章，出道馆大门就被正树叫住，然后被带到一艘船（选否则他会在 PC 里等待，再和他对话即可走了，由于进岛开始不能用电脑，去换好 PM 先），然后来到一个新地方（桔子群岛）
出了码头，来到 PC 屋里，得知现在电脑故障要找两宝石，来到这个岛的北部，发现一个温泉山洞，和上方的一个老大爷对话还可以得到 06 号特技碎石，出了山洞后继续往北面走，经过一段水路之后来到一座山面前，在山顶上遇到传说中的三神鸟之一的火鸟（神鸟不错，可作收藏，但需要把它打成红血再异常状态后才比较容易抓，如果没有理想的应付 PM 的话以后也可以再来）之后回到码头，这时候可以去二号岛屿，
在游戏中心对话后，决定帮忙寻找他们家的小女孩，在小岛山顶有个屋子里的人可以教你的主角 PM 隐藏的必杀技，继续座快艇来到三号小岛，（这儿的电脑是和关东的连网的，所以能用）来到后和挡路的飞车党对战，战后某人送了个恢复药作为感谢，最后在树果森林的最深处找到采树果的小女孩，突然跳出素利拍，原来小女孩被他催眠了，胜利后小女孩也回到了家里来到一号小岛，被人送回红莲岛，利用飞行特技来到常盘市，
先前关闭的道馆大门现在已经打开，馆主正是火箭队老大！这次他作为道馆馆主和我进行对决，将其击败后，他去修炼了 …… ，将其击败后得到羽毛徽章。接下来就是去冠军道路挑战四大天王！
隐藏关
通关以后读取存盘，博士将我带到研究所里将妖怪图鉴升级为 386 图鉴（需要妖怪捕获数在 60 只以上）之后来到枯叶市的码头，坐船回到一号小岛，和 PC 屋右边的那个博士谈话之后他把船票和地图升级，然后往北走，来到捉火鸟的山脚下，上了台级往右走，在尽头发现两个火箭队的成员守在一个山洞口，和他们对战后，进入山洞，在最深处找到了一块红宝石，出了山洞，回到一号岛屿的 PC 屋里，将刚才在山洞得到的红宝石交给右边的博士，出了 PC 屋，来到码头，现在以经可以坐船去四号小岛。
来到四号小岛，（冰天王康娜的老家），发现了一个妖怪饲养屋，现在才可以让妖怪生蛋，另外还在一个居民家里得到进入训练员塔的通行证，从四号岛屿上右边的小水塘里游过去，来到了一个冰冻的瀑布里，进入瀑布左边的洞里，在里面找到 07 号特技攀登，攀上那条瀑布了，在山洞里面遇到了冰天王，她正在训斥一群火箭队员，我见到这个欺负火箭队员的好机会当然不会放过了，和冰天王一起轻松搞定了他们，在冰天王的威胁下得到了开门的密码（またまた ダマダマ，以后会用到），之后来到码头，坐船到五号岛，岛右下有火箭队的基地，使用密码后 …… 门还没有开，原来还少另外一段，只好坐船到了六号小岛和岛上的人谈话后，来到小岛最南部的大门前，用砍树特技将大门打开，在最深处找到一块蓝宝石，但没有密码拿不走这时候火箭队的一个研究员突然到来，抢走蓝宝石，顺便得到了另外一段密码（カブトはとぶか，汗 …… 甚么幺样的密码啊），追到五号小岛上的火箭队基地里（基地里有特殊的球，隐藏的），来到五号小岛上右边的火箭队研究所里，拿回蓝石，来到一号岛屿的 PC 屋里，将找到的蓝宝石交给博士，最后可以到七号小岛！小岛路上山洞里的石头分别推入凹坑里，神秘 PM 安侬就会出现在下面的遗迹里
最后就可以回到花田市，在花田市的左边山洞拦住出口的人现在已经离开，终于可以进入山洞捕捉最强的口袋妖怪超梦了（非常好用）
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