1、 紫外线杀菌消毒方法
在纯化水设备当中，紫外线杀菌是常用的杀菌方法，主要有杀菌、降解TOC和破除臭氧的作用。它可以减慢水系统中的新菌落生产速度进而影响生物膜的形成，但对已经生成的生物膜是无效的，只对浮游微生物部分有效。紫外线杀菌的效果有紫外线的强度、紫外线的光谱度和照射时间决定。当波长为253.7mm时可以获得优质的杀菌效果。
2、臭氧杀菌消毒方法
臭氧杀菌通过氧化作用破坏微生物膜的结构，可以灭杀细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，还能够破坏肉毒杆菌霉素。在制药纯化水设备系统中，纯化水水罐、各种过滤器、膜和分配管网系统中都会有微生物繁殖和滋生，臭氧能够有效除去水中的卤化物并降解生物膜，同时没有残留物，是目前纯化水系统和高纯水系统中能连续去除细菌和病毒的好方法。臭氧杀菌方法已经成为国内外主流的制药纯化水消毒方式。
3、巴氏杀菌消毒方法
巴氏消毒用于纯化水设备正常运行时的微生物抑制。经过巴氏消毒后的纯化水设备系统仍然有小部分无害或者有益、较耐热的细菌，同时消毒操作时间相对较长，常采用80℃以上的热水循环一两个小时才能完成巴士消毒。优点是可以有效的控制纯化水系统中的微生物污染水平在50CFU/ml，并且可以控制纯化水设备的内毒素在5EU/ml的水平。
纯化水设备一般指应用于医疗、电子生产工艺，精细化工、制药、等行业生产用水使用的，对制水工艺、消毒工艺、流量、流速等都有严格的标准。
常见的消毒方式方法有：
1、臭氧杀菌：臭氧是一种杀菌剂，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，并破坏肉毒杆菌毒素。臭氧杀菌机制为通过氧化作用破坏微生物结构而实现杀菌效果。
2、巴氏消毒：其工作原理为在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖速度越快，但温度太高，细菌就会死亡。巴氏消毒利用病原体不耐热的特点，用适合的额温度和保温时间将其全部杀死。对制药用水系统而言，巴氏消毒有两个主要功能：用于系统中的活性炭等预处理单元的周期性消毒，RO单元的周期性消毒，以及储存于分配环官网单元的周期性消毒。
3、紫外线杀菌：是通过减慢系统中的新的菌落生长速度而影响生物膜的生成，紫外灯与常规的热水或化学消毒方法联用，有效切可以延长消毒的时间间隔。
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