（1）有机溶剂萃取法
根据辣椒色素的理化性质，工业上多采取以下方法进行提取。将茄科植物辣椒的成熟干燥果实之果皮粉碎后，用乙醇、丙酮、异丙醇或正己烷等抽提。考虑到天然红辣椒中含有辣椒红、辣椒素、辣椒油脂等成分，其中辣椒素即辣椒碱有辣味，高温下产生刺激性蒸气，因此在辣椒色素的精制过程中必须将其去除。从结构上看辣椒素含有酰胺键，分子中含有一个羟基，是一个极性化合物，其晶体呈现为单斜棱柱体或矩形，熔点61℃，溶于稀乙醇、己醚、丙酮、乙酸乙酯等溶剂及碱性水溶液中。考虑到辣椒红混合物和辣椒素在不同溶剂中溶解度不同，可以利用两者的溶解度差异进行脱辣处理。
贺文智等基于此原理采用正己烷萃取法，利用辣椒红色素易于溶于正己烷而辣椒素较难溶于正己烷的性质将两者进行分离，操作步骤如下称取经去蒂、去籽、粉碎处理后的红辣椒粉末，以丙酮为萃取剂进行常压萃取操作，提取液在温度为90℃、真空度为0.09兆帕（MPa）的条件下进行减压蒸馏浓缩，同时回收丙酮。用丙酮提取辣椒红的过程实质上是液固之间通过相际接触表面进行的传质过程，传质速率的快慢决定着传质设备的尺寸及操作时间。该方法为了提高传质速率，采用索氏提取器对粉末状的干红辣椒进行提取。称取一定量的经浓缩的辣椒红粗产品用一定量的正己烷进行萃取脱辣。色价定义为单位质量原料的提取物的吸光度。
该方法操作简单，色素回收率较大，产品得率高，但产品色价较小。由于色价值与辣度呈负相关性，说明该方法脱辣不够彻底，对于以辣椒红为主要产品且对辣椒素含量要求不是十分苛刻的情况，可以采用此方法。张宗恩等以丙酮为溶剂提取制备辣椒油树脂，油树脂得率高、色价大、辣素含量低，便于分离。采用pH大于10.37的丙酮（50%）溶液进行5次以上脱辣萃取可得到口尝无辣味的红色素。该方法工艺简单、操作方便，所得色素的各项质量指标均符合FAO/WHO标准。
（2）柱层析法
据报道，辣椒中的辣椒素即使稀释1∶100000仍能感觉到辣味，这在很大程度上限制了辣椒色素的应用。因此，去掉辣味成分就成为提取分离辣椒红色素工艺的关键步骤。用硅胶柱层析分离辣椒色素属分配层析法，是根据色素和辣素的结构差异，在束缚于硅胶上的固定相和洗脱液中的溶解度不同，因此在固定相和洗脱液之间的分配系数不同而达到分离效果。袁庆云研究了用硅胶柱层析分离辣椒红色素，总结出以下工艺流程：
辣椒→挑选→粉碎→加酶→过滤→浓缩→乙醇石油醚提取→过滤→浓缩→上硅胶柱→洗脱→浓缩→深红色黏稠液体
操作要领：①加酶：加酶水解使细胞中与蛋白质、脂肪、糖类等结合的色素游离出来，便于用溶剂提取。②提取：以90%乙醇和石油醚（1∶1）的提取液在室温下搅拌过夜提取，经过滤后减压浓缩。③通过薄层层析寻找洗脱条件，当石油醚和食用级90%乙醇体积比=2∶1时展层效果最好。④将提取的浓缩液上硅胶柱，柱直径10厘米，高100厘米，用洗脱液洗脱，收集红色洗脱部分。⑤将收集的洗脱部分减压浓缩。
实验所得红色黏稠液经检验水分含量0.37%，脂肪含量90.68%，色素∶色阶E1%1cm（475nm）=143，不含辣椒素。贺文智、索全伶等也探讨了辣椒红色素的柱层析提取精制方法：用丙酮作萃取剂从红辣椒干粉中提取出辣椒红粗品，粗品经减压蒸馏浓缩处理后进行柱层析脱辣精制操作。该试验鉴于柱层析法的优点，采用尺寸规格较大的玻璃柱进行柱层析分离，选用粒径74～152微米（μm）硅胶作填料，石油醚与丙酮的复配混合液（10∶1）为展开剂进行柱层析。辣椒红粗品上柱淋洗分离，首先流出的是橙黄色液体（量少），其次是辣椒红色素，最后是较难洗脱的淡黄色且具有较浓辣味的液体。收集红色素产品进行减压蒸馏浓缩，用751分光光度计测定其色价E 1%1cm（460nm）=56.5，色素回收率可达平均67.2%。
针对现有文献中大多介绍以红辣椒为原料提取无辣味混合色素的方法但未对混合色素作进一步分离分析的问题，提出了采用柱层析对辣椒色素中的黄色素进行分离。该方法以硅胶为固定相，丙酮、95%乙醇分别作为辣红素和辣黄素的洗脱剂，每次分离的色素量为硅胶质量的4%～2%，分离后的液体经减压蒸馏得浓缩产物。通过此过程，不但可得到辣椒色素中的主要副产品——黄色素，而且相应地提高了主要成分的纯度，得到纯度较高的红色素。
采用柱层析分离技术，选用吸附剂X和混合洗脱液用于中试，将辣椒色素中红、橙、黄进一步分离，可以使低质量辣椒红色素的色价和色调得到较大的提高。吴明光等采用柱层析分离技术，从辣椒果皮中分离出了游离型结晶辣椒红色素单体，其含量大于95%，这是我国辣椒红色素在剂型上的突破。
（3）超临界CO2流体萃取技术
由于辣椒红素的油状特性使得采用有机溶剂萃取分离得到的辣椒色素产品中有较高的溶剂残留，采取一般的洗脱剂方法产品很难达到联合国粮农组织和世界卫生组织（FAO/WHO，1984）规定的最新标准，极大地影响了辣椒色素的实用和出口创汇。超临界流体萃取是一种新型的化工分离技术。该技术的关键是了解超临界流体的溶解能力及随诸多因素影响的变化规律。超临界CO2流体萃取（SCFE-CO2）就是使用高于临界温度、临界压力的CO2流体作为溶媒的萃取过程。处于临界点附近的流体不仅对物质具有极高的溶解能力，而且物质的溶解度会随体系的压力或温度的变化而变化，从而通过调节体系的压力或温度就可以方便地进行选择性地萃取分离不同物质。超临界分离技术工艺简单，能耗低，萃取溶剂无毒、易回收，所得产品具有极高的纯度，残留溶剂符合FAO/WHO要求。赵亚平等采用自行设计的超临界CO2流体萃取设备进行辣椒色素提取。该设备主要由供气系统、超临界CO2流体发生系统、萃取分离系统、计量系统4部分组成，所有部件都国产化。实验表明，最佳萃取条件为粒度〈1.2毫米，萃取压力15兆帕（MPa），萃取温度50℃，流量6立方米/小时。在萃取过程中，根据UV3000紫外可见分光光度计测定200～600纳米（nm）的吸光度曲线判断辣椒色素与辣椒素的分离效果。用色素的丙酮溶液在449纳米（nm）处测定吸光度，所得值即为色素的色价。用该方法萃取的辣椒色素各项质量指标均超过国家标准。
采用瑞士NOVA公司制造的超临界萃取装置对辣椒色素进行分离、提纯。使产品符合FAO/WHO残留溶剂标准要求（己烷含量≤25毫克/千克）的最佳工艺参数是：萃取压力18兆帕（MPa），萃取温度25℃，萃取剂流量2.0升/分（L/min），萃取时间3小时（h）。在最佳工艺条件下产品色价可达到342。韩玉谦等采用超临界CO2流体萃取技术对色价100～180，溶剂残留30×10-6～150×10-6的辣椒红色素进行精制，实验结果表明：当萃取压力控制在20兆帕（MPa）以下时，辣椒红色素的色价和色调几乎不受损失，有机溶剂的残留可以降低到2.7×10-6左右，但辣椒色素中的红色系色素和黄色系色素未达到完全分离。研究发现，在超临界CO2流体萃取辣椒色素的过程中使用助溶剂如1%的乙醇或丙酮或升高提取压力能提高辣椒色素得率。在较低压力下分离得到的辣椒色素几乎都是β-胡萝卜素，而在较高压力下得到较大比例的红色类胡萝卜素如辣椒红色素、辣椒玉红素、玉米黄质、β-隐黄质等和少量的β-胡萝卜素。在两步分段提取过程中，第一阶段采用分离红辣椒油和β-胡萝卜素的技术保证了第二阶段辣椒色素提取的富集，并使辣椒红、黄色素比率达到1.8。在自行开发的多功能超临界CO2流体萃取分馏装置上对辣椒色素脱辣精制技术进行了研究，结果表明：在小于10.0MPa压力下可萃取出黄色和辣味成分，保留红色素；当压力大于12.0兆帕（MPa）时可将红色组分萃取完全。尽管超临界流体萃取天然色素具有很多的优点，但由于超临界设备一次性投资较大，目前我国在这一领域还未得到广泛的应用。
（4）其他
采用两步法萃取分离红辣椒，即先用有机溶剂浸取法从干尖辣椒中萃取出含有红色素、辣椒素和焦油味臭味的辣椒浸膏，然后再用超临界CO2萃取的方法去除焦油味臭味并把红色素和辣椒素分开，从而得到不含有机溶剂的红色素和辣椒素，产量较单纯用超临界萃取方法提高5～7倍，且质量远超过FAO/WHO（1984）标准。
（1）有机溶剂萃取法：根据辣椒色素的理化性质，工业上多采取以下方法进行提取。将茄科植物辣椒的成熟干燥果实之果皮粉碎后，用乙醇、丙酮、异丙醇或正己烷等抽提。考虑到天然红辣椒中含有辣椒红素、辣椒素、辣椒油脂等成分，其中辣椒素即辣椒碱有辣味，高温下产生刺激性蒸气，因此在辣椒色素的精制过程中必须将其去除。从结构上看辣椒素含有酰胺键，分子中含有一个羟基，是一个极性化合物，其晶体呈现为单斜棱柱体或矩形，熔点61℃，溶于稀乙醇、己醚、丙酮、乙酸乙酯等溶剂及碱性水溶液中。考虑到辣椒红素混合物和辣椒素在不同溶剂中溶解度不同，可以利用两者的溶解度差异进行脱辣处理。
利用辣椒红色素易于溶于正己烷而辣椒素较难溶于正己烷的性质将两者进行分离，操作步骤如下：称取经去蒂、去籽、粉碎处理后的红辣椒粉末，以丙酮为萃取剂进行常压萃取操作，提取液在温度90℃、真空度0.09兆帕的条件下进行减压蒸馏浓缩，同时回收丙酮。用丙酮提取辣椒红素的过程实质上是液固之间通过相际接触表面进行的传质过程，传质速率的快慢决定着传质设备的尺寸及操作时间。该方法为了提高传质速率，采用索氏提取器对粉末状的干红辣椒进行提取，称取一定量的经浓缩的辣椒红素粗产品用一定量的正己烷进行萃取脱辣。色价定义为单位质量原料提取物的吸光度。
该方法操作简单，色素回收率较高，产品得率高，但产品色价较低。由于色价值与辣度呈负相关，说明该方法脱辣不够彻底，对于以辣椒红素为主要产品且对辣椒素含量要求不是十分苛刻的情况，可以采用此方法。张宗恩等以丙酮为溶剂提取制备辣椒油树脂，油树脂得率高、色价高、辣椒素含量低，便于分离。采用pH大于10.37的丙酮（50%）溶液进行5次以上脱辣萃取可得到口尝无辣味的红色素。该方法工艺简单，操作方便，所得色素的各项质量指标均符合联合国粮农组织和世界卫生组织（FAO/WHO）的标准。
（2）柱层析法：据报道，辣椒中的辣椒素即使稀释1∶100000倍仍能感觉到辣味，这在很大程度上限制了辣椒色素的应用。因此，去掉辣味成分就成为提取分离辣椒红色素工艺的关键步骤。用硅胶柱层析分离辣椒色素属分配层析法，是根据色素和辣素的结构差异，在束缚于硅胶上的固定相和洗脱液中的溶解度不同，因此在固定相和洗脱液之间的分配系数不同而达到分离效果。通过研究用硅胶柱层析分离辣椒红色素，总结出以下工艺流程：
辣椒→挑选→粉碎→加酶→过滤→浓缩→乙醇石油醚提取→过滤→浓缩→上硅胶柱→洗脱→浓缩→得深红色黏稠液体操作要领：①加酶。加酶水解使细胞中与蛋白质、脂肪、糖类等结合的色素游离出来，便于用溶剂提取。②提取。以90%乙醇和石油醚（1∶1）的提取液在室温下搅拌，提取，经过滤后减压浓缩。③通过薄层层析寻找洗脱条件。当石油醚和食用级90%乙醇体积比=2∶1时展层效果最好。④将提取的浓缩液上硅胶柱，柱直径10厘米，高100厘米，用洗脱液洗脱，收集红色洗脱部分。⑤将收集的洗脱部分减压浓缩。实验所得红色黏稠液经检验水分含量0.37%，脂肪含量90.68%，不含辣椒素。
辣椒红色素的柱层析提取精制方法：用丙酮作萃取剂从红辣椒干粉中提取出辣椒红粗品，粗品经减压蒸馏浓缩处理后进行柱层析脱辣精制操作。该试验鉴于柱层析法的优点，采用尺寸规格较大的玻璃柱进行柱层析分离，选用粒径74～152微米硅胶作填料，石油醚与丙酮的复配混合液（10∶1）为展开剂进行柱层析。辣椒红粗品上柱淋洗分离，首先流出的是橙黄色液体（量少），其次是辣椒红色素，最后是较难洗脱的淡黄色且具较浓辣味的液体。收集红色素产品进行减压蒸馏浓缩，用751分光光度计测定其色价E1%1厘米（460nm）=56.5，色素回收率平均可达67.2%。
针对现有研究中大多介绍以红辣椒为原料提取无辣味混合色素的方法但未对混合色素作进一步分离分析的问题，研究又提出了采用柱层析对辣椒色素中的黄色素进行分离。该方法以硅胶为固定相，丙酮、95%乙醇分别作为辣红素和辣黄素的洗脱剂，每次分离的色素量为硅胶质量的4%～2%，分离后的液体经减压蒸馏得浓缩产物。通过此过程不但可得到辣椒色素中的主要副产品黄色素，而且相应地提高了主要成分的纯度，得到纯度较高的红色素。
采用柱层析分离技术，选用吸附剂X和混合洗脱液用于中试，将辣椒色素中红、橙、黄进一步分离，可使低质量辣椒红色素的色价和色调得到较大提高。吴明光等采用柱层析分离技术，从辣椒果皮中分离出了游离型结晶辣椒红色素单体，其含量大于95%，这是我国辣椒红色素在剂型上的突破。
（3）超临界CO2流体萃取技术：由于辣椒红素的油状特性使得采用有机溶剂萃取分离得到的辣椒色素产品中有较高的溶剂残留，采取一般的洗脱剂产品很难达到联合国粮农组织和世界卫生组织（FAO/WHO，1984）规定的最新标准，极大地影响了辣椒色素的实用和出口创汇。超临界流体萃取是一种新型的化工分离技术。该技术的关键是了解超临界流体的溶解能力及随诸多因素影响的变化规律。超临界CO2流体萃取（SCFE-CO2）就是使用高于临界温度、临界压力的CO2流体作为溶媒的萃取过程。处于临界点附近的流体不仅对物质具有极高的溶解能力，而且物质的溶解度会随体系的压力或温度的变化而变化，从而通过调节体系的压力或温度就可以方便地进行选择性地萃取分离不同物质。超临界分离技术工艺简单，能耗低，萃取溶剂无毒、易回收，所得产品具有极高的纯度，残留溶剂符合FAO/WHO要求。国内已报道采用自行设计的超临界CO2流体萃取设备进行辣椒色素提取。该设备主要由供气系统、超临界CO2流体发生系统、萃取分离系统、计量系统4部分组成，所有部件都国产化。实验表明，最佳萃取条件为粒度<1.2毫米，萃取压力15兆帕，萃取温度50℃，流量6米3/小时。在萃取过程中，根据UV3000紫外可见分光光度计测定200～600纳米的吸光度曲线判断辣椒色素与辣椒素的分离效果。用色素的丙酮溶液在449纳米处测定吸光度，所得值即为色素的色价。用该方法萃取的辣椒色素各项质量指标均超过国家标准。
采用超临界萃取装置对辣椒色素进行分离、提纯。使产品符合FAO/WHO残留溶剂标准要求（己烷含量≤25毫克/千克）的最佳工艺参数：萃取压力18兆帕，萃取温度25℃，萃取剂流量2.0升/分钟，萃取时间3小时。在最佳工艺条件下产品色价可达到342。韩玉谦等采用超临界CO2流体萃取技术对色价100～180，溶剂残留30×10-6～150×10-6的辣椒红色素进行精制，实验结果表明当萃取压力控制在20兆帕以下时，辣椒红色素的色价和色调几乎不受损失，有机溶剂的残留可以降低到2.7×10-6左右，但辣椒色素中的红色系色素和黄色系色素未达到完全分离。研究发现在超临界CO2流体萃取辣椒色素的过程中使用助溶剂如1%的乙醇或丙酮、升高提取压力能提高辣椒色素得率。在较低压力下分离得到的辣椒色素几乎都是β-胡萝卜素，而在较高压力下得到较大比例的红色类胡萝卜素如辣椒红色素、辣椒玉红素、玉米黄质、β-隐黄质等和少量β-胡萝卜素。在两步分段提取过程中，第一阶段采用分离红辣椒油和β-胡萝卜素的技术保证了第二阶段辣椒色素提取的富集，并使辣椒红、黄色素比率达到1.8。在自行开发的多功能超临界CO2流体萃取分馏装置上对辣椒色素脱辣精制技术进行了研究，结果表明在小于10.0兆帕压力下可萃取出黄色和辣味成分，保留红色素；当压力大于12.0兆帕时可将红色组分萃取完全。尽管超临界流体萃取天然色素具有很多优点，但由于超临界设备一次性投资较大，目前我国在这一领域还未得到广泛的应用。
此外，采用两步法萃取分离红辣椒，即先用有机溶剂浸取法从干尖辣椒中萃取出含有红色素、辣椒素和焦油味臭味的辣椒浸膏，然后再用超临界CO2萃取的方法去除焦油味、臭味，并把红色素和辣椒素分开，从而得到不含有机溶剂的红色素和辣椒素，产量较单纯用超临界萃取方法提高5～7倍，且质量远超过FAO/WHO（1984）标准。
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