部分肾结石患者需要通过外科微创的手术进行干预。随着泌尿外科手术器械的发展，目前选择微创手术的患者，且住院时间亦明显缩短。目前处理肾结石的主要方法如下：
1、经皮肾镜取石术：选择经皮肾镜取石术取石的患者仍需要住院。对于并不复杂的肾结石，大部分选择经皮肾镜取石术治疗的患者仍需要住院，而手术时间约为1-2小时，患者的总住院时间约为5-7日。对于部分结石高发的地区，比如广州等沿海地区，这些区域的结石患者较多，而且这些地区的手术技术均较为成熟，较多患者的经皮肾镜取石术均由门诊完成，比如进行肾结石手术的患者，目前较多地区的经皮肾镜取石术手术均为日间手术；
2、输尿管软镜碎石术：选择输尿管软镜手术的患者，其住院时间亦较短。手术前需要于患侧的输尿管安装输尿管支架管，待适宜的时间，患者应住院进行手术。一般情况下，相对于经皮肾镜取石术而言，输尿管软镜手术的手术时间较短，约为1-2小时，而选择输尿管软镜手术的患者，其住院时间一般约为5日。
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