A、双链DNA分子中含有两个游离的磷酸基团，分别位于DNA分子的两端，A正确；B、DNA的一条单链上相邻的碱基A与T之间通过脱氧核糖-磷酸-脱氧核糖连接，B错误；C、嘌呤碱基与嘧啶碱基之间通过氢键连接，它们的结合遵循碱基互补配对原则，这保证了DNA分子空间结构的相对稳定，B正确；D、DNA分子的两条链的反向平行构成双螺旋结构，D正确．故选：B．
