左心房黏液瘤首先需要与风湿性心脏病、二尖瓣病变作鉴别。详细病史可提供某些鉴别诊断的依据。如本病无风湿热病史，可呈现一过性昏厥病史，病程一般较短，病情进展较快，尤其在窦性节律情况下发生体循环栓塞，且无其他病因可查时，应高度怀疑左心房黏液瘤的可能性。超声心动图检查更具有特殊诊断价值，为了术前得到明确诊断，避免不必要的手术探查，因而对风湿性瓣膜病变，术前作超声心动图检查是完全必要的。右心房黏液瘤需与三尖瓣狭窄、三尖瓣下移、慢性缩窄性心包炎和心肌病作鉴别，在某些病例中作选择性心腔内造影，可以显示瘤体大小、部位和活动情况，以资鉴别。
同时，还需对心脏黏液瘤、脂肪瘤和横纹肌瘤等三种肿瘤进行鉴别诊断，这三种肿瘤的病理基础决定了超声表现有其各自的特征，利用这些特征可作为诊断和鉴别的依据。
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