事业单位职工辞职，单位不同意只能继续申请，或者去当地劳动部门采用劳动仲裁方式辞职。
根据劳动合同法的规定，辞职方面的规定，第一是和单位协商，如果协商成功可以顺利和单位解除劳动关系。如果不能协商的可以提前30日以书面形式通知单位可以解除劳动合同。我感觉你可以提前30日给单位递交书面的辞职通知，这样就可以自动离职了。
