一般从DNA、RNA和蛋白质这三个方面鉴定。将三种物质分别提取出来，各自进行鉴定。鉴定的方法可以用你提到的这些。
1.核酸杂交：简单的说，就是将需检测的核酸与标记的分子结合使得未知核酸可以被检测到。
2.脉冲场凝胶电泳：利用电场让不同大小的带电DNA分子以不同的速度移动，从而将不同大小的分子分开。可分离10kb--10mb的DNA分子。
3.16S rRNA :16S rRNA所对应的 16S rDNA基因在微生物基因组中具有高度保守性；对16S rDNA而言，如果出现3个碱基以上的差异就可以断定细菌不属于同一种属。它具有高度的灵敏性，而且不需要培养，检测指标也很单一。可以快速检测未知微生物或致病微生物。
4.RAPD：对整个未知序列的基因组进行多态性分析的分子技术。先进行PCR扩增，然后电泳分离染色，在紫外透视仪上检测多态性。
5.质粒质谱分析法：我只了解过蛋白质的质谱分析技术，质粒的没有了解过。
蛋白质：将蛋白质酶解成小肽段并混合基质，用激光将呈离子化气体状态的待测物喷射，经电场到达检测器，根据到达的时间分析肽段的分子质量。