郡县制与地方政权组织光有中央政府机构而无地方行政机构，仍然形不成强大的封建统治网络。但建立什么样的地方行政机构，这在秦统一六国之后是经历了一场激烈争论的。以丞相王绾为首的群臣，主张沿用周代以来的封国建藩制度，分封诸皇子为王。他们的理由是有利于统治新征服的六国地区。而廷尉李斯则力排众议，主张废除分封诸侯制度，全面推行郡县制度。很显然，李斯的主张符合专制皇权和统一的要求。因而得到了秦始皇的采纳，将全国分为三十六郡。后随边境的不断开发和郡治的调整，增至四十余郡。
郡，是中央政府辖下的地方行政单位，其组织机构与中央政府略同，设郡守、郡尉、郡监(监御史)。郡守，为一郡最高行政长官，掌全郡政务，直接受中央政府节制;郡尉，辅佐郡守，掌管全郡军事;郡监，掌监察工作。
郡以下设县或道。县是秦朝统治机构中关键的一级组织，是从中央到地方政府机构中具有相对独立性的一个单位。内地设县，边地少数民族地区设道。满万户以上的县设县令，不满万户的设县长。令、长为一县之首，掌全县政务，受郡守节制。县令下设尉、丞。尉，掌全县军事和治安;丞，为县令或县长的助手，掌全县司法。
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