辖4个县级市 、6个县、3个自治县。自治州人民政府驻蒙自市天马路。蒙自市（文澜镇） 个旧市（城区街道）开远市（乐白道街道）弥勒市（弥阳镇）建水县（临安镇）石屏县（异龙镇）泸西县（中枢镇）元阳县（南沙镇）红河县（迤萨镇）绿春县（大兴镇）屏边苗族自治县（玉屏镇）金平苗族瑶族傣族自治县（金河镇）河口瑶族自治县（河口镇）
