总经理并不一定是公司的法人代表，但是公司的法人代表可以兼任总经理的职位。一般而言公章是由法人代表控制的，或者授权总经理使用。
我同意guwenbo先生和妩媚胭脂女士的答案。
另外我也有自己的看法。
很多您所说的这家公司应该是私营企业吧？
在国内的很多企业里，企业的控股人一般就是其管理者，若控股人只是控股而聘请专业管理人员，这在私营企业中所占的比例并不是很大。
一般来说，控股人对公司有绝对的控制权，很多控股人不懂现代企业管理，但是喜欢插手管理事项，我认为若您的公司是这样的公司，其前景不明，早些离开为好。
若一家公司连公章使用都没有明确，我怀疑其生存能力！
公章一般由法人或法人授权代理人保管
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