Protel99 SE中，自己画原理图元件库和PCB库封装库，这两者之间是怎么对应的？

我理解你的标号应该是指元器件的管脚编号吧？你只需保证原理图和所用PCB的标号一致即可，就不会出现标号重复的问题。因为你在添加新元件时，必然取名不同，名字不同即代表不同的元件，不同的元件其标号一致也没关系。所以你的“第二组原理图用1和2标号，对应的PCB中用1和2标号”也完全没有问题。

我也不大明白你的意思
在原理图中有添加元器件，更新网络表后，在PCB设计里重新加载网络表，就会自动更新了，如果添加了元器件，PCB设计里面也会自动添加新的元器件的，至于标号，原理图里面不能有重复，否则PCB设计里面只识别一个 ，比如原理图中有C1C2C3C4，你后来增加了一个在C2与C3之间，那么就会有个C5了，而原来的C3C4变成了C4C5，在你的PCB文件里面更新网络表后一样也会增加一个C5
不管是原理图还是PCB，设计文件里的元器件跟库里的是两回事，而且原理图库里的元器件的名称和PCB库文件的元器件的名称可以一样也可以不一样，是不会有冲突的，比如你库里面有个电容名称定义为CAP1，后来又增加了一个，你想再命名CAP1系统也不会许可的，库文件里的元器件名称不可以重复也不可能重复

不太明白楼主的意思。
封装库可以通用的，比如插件电阻封装AXIAL0.4，你可以在原理图一的电阻元件的footprint里面使用AXIAL0.4，也可以在原理图2里面使用AXIAL0.4，两者是不会干扰的。
如果你是以总图的方式导入PCB文件，那么你这些分图里面的元件的标识不能重复，比如不能在图一有电阻R3，在图二又有电阻元件R3。但是可以重复出现AXIAL0.4这个电阻封装。
封装和元件标号是两码事情，不会冲突。

在创建原理图元件库时，可以指定该元件的封装形式，也就是把对应的封装形式指定给该元件。也可以在原理图中修改元器件的封装形式。